ループできた！

PHPソース

$obj = new StdClass;
$obj->arr = array(array('var1' => 'a',
                         'var2' => 'b'),
                   array('var1' => 'aa',
                         'var2' => 'bb',
                         'var3' => 'cc'));
$obj->var3 = 'test';
$flexy->outputObject($obj, $elements);

HTMLソース

{var3} (上位階層)<br>

{loop:arr}
{var1} {var2} {var3}<br>
{endloop:}

{var3} (loop中で書き換えた変数が元に戻っているかどうか)

表示

test (上位階層)
a b test
aa bb cc
test (loop中で書き換えた変数が元に戻っているかどうか) 

あ、ネストのことを忘れていた・・・。
難しい。